Pour l’organisation et la gouvernance du Projet, le ministère en charge de l’agriculture, qui assure à la tutelle technique, a créé une Unité de Gestion du Projet (UGP) de type « B », dotée de l’autonomie administrative et financière, établie à Ouagadougou et fonctionnant selon les règles de gestion axée sur les résultats.

L’UGP, dirigée par un Coordonnateur, est subdivisée en quatre (4) cellules : Suivi-évaluation, Administration-finances, Economie agricole, Aménagement, Suivi-environnemental. Un responsable du suivi-environnemental a été recruté dans le cadre du financement FEM.

Un comité de pilotage composé de vingt membres assure le rôle d’orientation et de suivi du Projet.

L’exécution technique du Projet est assurée par les Chambres Régionales d’Agriculture (CRA) grâce à la maîtrise d’ouvrage déléguée à elles confiée, les structures techniques (publiques et privées) sur la base de contrats, de protocoles et de conventions.